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動植物多組學(xué)組合形式

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可選形式： 電子報告 紙質(zhì)報告

可選語言： 中文報告 英文報告

發(fā)布時間：2024-05-21 08:15:32     更新時間：2025-02-05 15:52:39

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• 基因組+重測序+轉(zhuǎn)錄組

  獲取物種參考基因組，并利用重測序獲得性狀相關(guān)基因，與轉(zhuǎn)錄組進行關(guān)聯(lián)，相互驗證結(jié)果，縮小候選基因范圍，并研究性狀調(diào)控機制。

• 基因組+轉(zhuǎn)錄組+代謝組

  整合基因組變異、基因表達和代謝物數(shù)據(jù)，構(gòu)建代謝物-基因-遺傳位點的互作關(guān)系網(wǎng)絡(luò)，研究育種過程中代謝物變化的遺傳基礎(chǔ)。

• 基因組+轉(zhuǎn)錄組+表觀遺傳

  基因組變異結(jié)果與ATAC-seq、Hi-C、甲基化等多組學(xué)數(shù)據(jù)進行集成，進一步從不同層面探索造成性狀差異的生物學(xué)機制。

• 多組學(xué)取樣建議

  DNA 重測序樣本	取樣標準	樣本間不能有明顯的亞群分化，主要為自然群體，群體來源廣泛、遺傳多樣性 豐富
  	數(shù)量	建議樣本量≥ 200 個
  	測序深度	全基因組測序，測序深度建議不低于 10×/ 樣
  代謝組樣本	取樣標準	每個物種選 3-5 株不同的樣本，植物取不同植株上的果實或葉片等組織，動物 取不同組織部位樣本（或特定器官），混樣作為一個生物學(xué)重復(fù)（取樣時間、 部位、環(huán)境盡量保持一致）
  甲基化樣本	取樣標準	由于表觀遺傳學(xué)具有顯著的組織特異性，不同組織細胞間甲基化狀態(tài)可能會有 巨大差異，最好針對研究部位進行取樣
  轉(zhuǎn)錄組樣本	取樣標準	與其組學(xué)的材料來源相同
  注意：各組學(xué)樣本分裝保存并寄送

  信息分析內(nèi)容

  基因組 de novo 分析	代謝組數(shù)據(jù)分析	甲基化數(shù)據(jù)分析	轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
  基因組 de novo 組裝	代謝物定性定量	與參考基因組比對	可變剪切分析
  基因組注釋	代謝物數(shù)據(jù)質(zhì)控	甲基化位點檢測	基因表達水平分析
  比較基因組分析	代謝物通路及分類注釋	甲基化分布分析	差異基因分析
  共線性 /WGD 分析		差異甲基化分析
  基因組+重測序+代謝組+轉(zhuǎn)錄組/甲基化聯(lián)合分析

   

  分析類型	分析內(nèi)容	解決問題
  染色體重排鑒定	基因組共線性比對并分析各組共線性片段	結(jié)合代謝組數(shù)據(jù)或者甲基化數(shù) 據(jù)，適應(yīng)性形成機制，調(diào)控遺 傳機制，提高優(yōu)勢育種效率和 準確性。
  祖先染色體核型構(gòu)建	祖先核型分析，基因組核型信息與基因組重排統(tǒng)計
  代謝組樣本	取樣標準
  多倍體亞基因組差異表達	共線性基因?qū)?Ka/Ks 計算，與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)比對后計算亞基因組間表達差異	多倍體物種各亞基因組之間的 表達差異，解析轉(zhuǎn)錄動態(tài)和基 因組相互作用
  基因家族鑒定 基因結(jié)構(gòu)與蛋白結(jié)構(gòu)分析，進化樹構(gòu)建，染色體定位等		為研究物種多組學(xué)功能、分子 遺傳、代謝調(diào)控提供數(shù)據(jù)支持
  個性化分析
  多組學(xué)數(shù)據(jù)庫	可視化展示物種基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀組、代謝組等組學(xué)數(shù)據(jù)，整合分析結(jié)果	為研究物種多組學(xué)功能、分子 遺傳、代謝調(diào)控提供數(shù)據(jù)支持

   

  重測序群體分析	代謝組數(shù)據(jù)分析	甲基化數(shù)據(jù)分析	轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
  與參考基因組比對	代謝物定性定量	與參考基因組比對	可變剪切分析
  標記檢測及注釋	代謝物數(shù)據(jù)質(zhì)控	甲基化位點檢測	基因表達水平分析
  群體遺傳多態(tài)性分析	代謝物通路及分類注釋	甲基化分布分析	差異基因分析
  LD 分析		差異甲基化分析
  重測序 + 代謝組 / 甲基化聯(lián)合分析

   

  分析類型	分析內(nèi)容	解決問題
  表型處理	生物學(xué)重復(fù)表型 / 異常表型處理	檢驗表型是否符合正態(tài)分布的規(guī)律
  性狀關(guān)聯(lián)分析	基因型與表型性狀（代謝物 / 甲基化）關(guān)聯(lián)分析，曼哈頓圖、QQ 圖	鑒定出與代謝物 / 甲基化變異密切相關(guān) 且具有特定功能的基因位點或標記位點
  候選基因功能注釋	顯著 SNP 位點所在物理位置上下游一定區(qū)域內(nèi)的相關(guān)基因進行功能 注釋
  候選區(qū)域單倍型圖譜構(gòu)建	對顯著關(guān)聯(lián) SNP 位點所處的單倍型進行單體型內(nèi)基因注釋，找到功 能相關(guān)基因位點
  重測序 + 轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析

   

  eQTL 分析	cis-e QTL、trans-e QTL 分析	DNA 調(diào)控區(qū)變異位點對基因表達的影響
  GWAS-eQTL 分析	與 GWAS 結(jié)果關(guān)聯(lián)的 eQTL 結(jié)果	將 eQTL 數(shù)據(jù)與 GWAS 數(shù)據(jù)量化整合， 實現(xiàn)從 SNP 到基因表達再到復(fù)雜性狀 的精準定位
  TWAS 分析	基因 - 表型關(guān)系，基因表達與表型之間的關(guān)聯(lián)分析	找出表達量與復(fù)雜性狀關(guān)聯(lián)的基因，即 鑒定出顯著的性狀 - 基因表達關(guān)聯(lián)
  個性化分析

   

  SV/CNV 分析	SV/CNV 檢測及注釋	開發(fā) SV/CNV 標記
  選擇消除分析	Tajima′ D 測驗、Fst 分析、θπ 分析、Fst & Pi 分析	挖掘與馴化性狀相關(guān)的基因
  與選擇消除聯(lián)合分析	mGWAS 分析結(jié)果與選擇消除結(jié)果聯(lián)合分析	縮小變異相關(guān)候選區(qū)間

檢測機構(gòu)資質(zhì)證書

CMA認證

檢驗檢測機構(gòu)資質(zhì)認定證書

證書編號：241520345370

有效期至：2030年4月15日

CNAS認可

實驗室認可證書

證書編號：CNAS L22006

有效期至：2030年12月1日

ISO認證

質(zhì)量管理體系認證證書

證書編號：ISO9001-2024001

有效期至：2027年12月31日

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植物標本軟化（普通根莖）

植物標本軟化（種子 硬枝）

植物硬組織包埋

植物硬組織切片番紅固綠染色

植物硬組織切片甲苯胺藍染色

植物硬組織切片間苯三酚染色

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